下取りや追加料金などで差額を払ったりしますが、
英語では以下の表現を使います。
I'll pay the difference.
(差額を払います。)
Please pay the difference.
(差額を払ってください。)
このように「pay the difference」を使います。
「difference」は「違い」「差異」という意味ですが、
「差額」という意味もあります。
「difference」の代りになる英語として「balance」もあります。
使い方は全く一緒です。
I'll pay the balance.
(差額を払います。)
「balance」は「つりあい」「均衡」ですが、
これも「差額」という意味があります。
次に「乗り越し精算する」ですが、
これも上記表現が使えます。
もし「追加運賃」という意味を直訳して使うなら
「extra fare」があります。
英語の例文です。
I want to pay the extra fare.
(追加料金(運賃)を払いたいのですが。/乗り越し精算したいのですが。)
いろいろ表現はありますが、一番汎用的でよく見かけるのは、
「pay the difference」でしょうか。